En la dictadura militar de 1976 se desempeñó como comisario de la Policía Federal y jugó un rol fundamental en el esquema represivo. Estuvo cuatro años prófugo, evitando el juicio por la Megacausa Harguindeguy. José Darío Mazzaferri, expolicía de Concepción del Uruguay, que permaneció cuatro años prófugo y lo hallaron en diciembre, fue procesado por delitos cometidos durante la última dictadura. Se lo
acusa por detenciones ilegales y torturas contra estudiantes secundarios. Mazzaferri pudo esquivar a la Justicia durante más de cuatro años, permaneciendo prófugo y evitando así ser juzgado en la causa Harguindeguy.
Durante 2012 se desarrolló en Paraná el juicio oral donde se ventilaron los delitos cometidos durante la última dictadura en la costa del Uruguay, puntualmente en Concordia, Gualeguaychú y La Histórica. En la megacausa, que reunió las tres investigaciones, se hallaba imputado Mazzaferri, quien en aquellos años se desempeñó como comisario de la Policía Federal y jugó un rol fundamental en el esquema represivo puesto en marcha por el gobierno de facto. La causa arribó a una sentencia a fines de aquel año, mientras nada se sabía del represor, sobre el cual pesaba un pedido de captura internacional con una cuantiosa recompensa económica. La suerte de Mazzaferri cambió los primeros días de diciembre del año pasado, cuando fue finalmente hallado en la provincia de Buenos Aires y trasladado al Juzgado Federal de Concepción del Uruguay para ser indagado por el juez Pablo Seró. Desde entonces, el excomisario permanece en prisión. Esta semana Mazzaferri fue procesado por los delitos de violación de domicilio, detención y privación ilegal de la libertad y torturas sobre Cesar Roman, Carlos Martinez Paiva, Roque Edmundo Minatta, Juan Carlos Rodriguez, Juan Carlos Romero, Carlos Valiente, Hugo Angerosa y Jorge Orlando Felguer. Además, se le dispuso un embargo de $ 100.000.
El caso emblemático por el cual se lo acusa a Mazzaferri es la detención de un grupo de jóvenes en lo que se conoce como «La Noche del Mimeógrafo», que tuvo lugar el 16 de julio de 1976 cuando las fuerzas represivas detuvieron en sus domicilios a un grupo de estudiantes que los días previos habían llevado adelante una serie de reclamos: el medio boleto estudiantil y el pedido para poder conformar centros de estudiantes en sus respectivos establecimientos. Tras las detenciones, fueron alojados en la Delegación local de la Policía Federal, privándolos ilegalmente de la libertad por varios días y sufriendo torturas físicas y psicológicas. La campaña se había hecho a través de una serie de volantes impresos en un mimeógrafo, por el cual los represores preguntaban constantemente a las víctimas sin saber que terminaría bautizando aquella nefasta noche.