La historia dice que exactamente hace 30 años, un grupo de jugadores de rugby decidieron separarse de lo que por ese entonces era Barbarie RC de Concepción del Uruguay. Una serie de desencuentros motivó la ruptura, en una época donde el deporte de la ovalada también estaba dividido a nivel provincial. Sin perder el tiempo, el nutrido grupo de chicos que había tomado la decisión de irse del club se juntó y enseguida formaron el Club Universitario. Los primeros pasos no fueron sencillos, ya que no fueron vistos con buenos ojos por las autoridades de la Unión de Rugby del Río Uruguay. Sin embargo, un 14 de abril de 1990 pudieron saltar a la cancha por primera vez comenzando así la historia del CUCU.
El primer rival fue El Trébol de Paysandú de visitante, en un cotejo donde los entrerrianos dejaron en claro su superioridad: ganaron 65 a 0. Tras una serie de diferencias con la URRU durante algún tiempo, luego llegó la afiliación a la Unión Entrerriana de Rugby, en 1993, justo a fin de año para un Torneo Clausura. Desde ese entonces, el Club Universitario de Concepción del Uruguay comenzó a crecer de manera ininterrumpida, hasta que a comienzos del año 2000 fue invitado para participar del Torneo Regional del Litoral. Después de un par de temporadas, y en una decisión que no compartieron, fueron bajados y comenzaron su derrotero en el Torneo Provincial, donde logró 10 títulos (ocho de manera consecutiva). El año pasado, se dio el regreso al TRL tras 15 años de ausencia.